4、A公司不应当补缴增值税及附加税费

A公司与江苏某运输公司之间的运输业务是基于真实采购及销售需求发生的。A公司提供了完整的业务合同、运输确认单、运费结算单、会计记账凭证、银行付款回单、物流运输磅单等资料，A司与江苏某运输公司业务“四流”一致，基于真实业务发生的合法有效凭证。

江苏某运输公司为A公司提供运输业务，根据业务完成量收取了运费，并开具了当地运输服务的增值税专用发票。

根据《国家税务总局关于纳税人对外开具增值税专用发票有关问题的公告》（2014年第39号）规定，纳税人通过虚增增值税进项税额偷逃税款，但对外开具增值税专用发票同时符合以下情形的，不属于对外虚开增值税专用发票：一、纳税人向受票方纳税人销售了货物，或者提供了增值税应税劳务、应税服务；二、纳税人向受票方纳税人收取了所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务的款项，或者取得了索取销售款项的凭据；三、纳税人按规定向受票方纳税人开具的增值税专用发票相关内容，与所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务相符，且该增值税专用发票是纳税人合法取得、并以自己名义开具的。

因此，江苏某运输公司作为开票方，符合上述“公告”规定情形，不属于虚开；当然，A公司作为受票方，也理所当然不构成虚开，所以也就不应当补缴增值税了及相关税费了。

5、A公司无需补缴企业所得税

根据《国家税务总局关于发布<企业所得税税前扣除凭证管理办法>的公告》（国家税务总局公告2018年第28号）第十四条企业在补开、换开发票、其他外部凭证过程中，因对方注销、撤销、依法被吊销营业执照、被税务机关认定为非正常户等特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，可凭以下资料证实支出真实性后，其支出允许税前扣除：

（一）无法补开、换开发票、其他外部凭证原因的证明资料（包括工商注销、机构撤销、列入非正常经营户、破产公告等证明资料）；
（二）相关业务活动的合同或者协议；
（三）采用非现金方式支付的付款凭证；
（四）货物运输的证明资料；
（五）货物入库、出库内部凭证；
（六）企业会计核算记录以及其他资料。前款第一项至第三项为必备资料。

本案中，因江苏某运输公司被税务机关认定为非正常户而无法补开、换开发票，我公司按照上述第十四条，提交相关资料，证实支出真实性后，其支出是可以税前扣除的。因此，A公司该笔运输费用支出，应该按照该条规定准予A公司在计算应纳税所得额时扣除，不应补缴企业所得税。

6、A公司不应缴纳滞纳金

根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》（国税函〔2007〕1240号）规定，纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款的，不属于税收征收管理法第三十二条“纳税人未按照规定期限缴纳税款”的情形，不适用该条“税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金”的规定。