经过调查取证，我司税务律师团队从程序和实体对于案件进行了梳理，决定从程序违法入手，要求税务局撤销《税务处理决定书》。让案件重新启动，恢复到税务检查阶段，然后我们再提交相关证据，从合同流、票据流、货物流、资金流即“四流一致”来证明业务的真实性，以证明A公司为善意取得而不补缴相关税费及滞纳金。
我司的税务律师团队主要从以下几个方面来陈述税务机关的程序违法及A公司不应该补缴相关税费及滞纳金：
1、稽查局未送达和《税务事项通知书》，未告知A公司享有陈述和申辩的权利，违反法定程序，税务局应撤销《税务处理决定书》。
根据《税务稽查案件办理程序规定》第三十九条拟对被查对象或者其他涉税当事人作出税务行政处罚的，应当向其送达税务行政处罚事项告知书，告知其依法享有陈述、申辩及要求听证的权利。《重大税务案件审理办法》第十四条第一款规定：“稽查局应当在内部审理程序终结后5日内，将重大税务案件提请审理委员会审理。”第十五条第一款第（四）项规定：“稽查局提请审理委员会审理案件，应当提交以下案件材料：（四）税务稽查审理报告”；第二款规定：“重大税务案件审理提请书应当写明拟处理意见，所认定的案件事实应当标明证据指向。”
根据上述规定可以看出，稽查局在提请重审委员会审理案件之前，在其内部审理程序环节就应当向原告送达《税务行政处罚事项告知书》，以便听取A公司的陈述申辩意见，并将当事人的陈述、申辩情况在《税务稽查审理报告》中载明，《税务稽查审理报告》应提交重审委员会，由重审委员会依法审理并作出正确审理意见。如果稽查局在重审委员会作出审理意见后才告知A公司，A公司提出的陈述申辩意见是否成立则只能由稽查局作出判断，而重审委员会并不知晓，该情况显然与重大税务案件应经重审委员会审理的精神相悖。而且根据《重大税务案件审理办法》第三十五条规定：“稽查局应当按照重大税务案件审理意见书制作税务处理处罚决定等相关文书，加盖稽查局印章后送达执行。”因此，本案中，稽查局未按《重大税务案件审理办法》的上述规定在提请重审委员会审理前向原告送达《税务行政处罚事项告知书》，应属严重违反法定程序。
《中华人民共和国行政复议法》第二十八条第规定，行政复议机关负责法制工作的机构应当对被申请人作出的具体行政行为进行审查，提出意见，经行政复议机关的负责人同意或者集体讨论通过后，按照下列规定作出行政复议决定:具体行政行为有下列情形之一的，决定撤销、变更或者确认该具体行政行为违法；决定撤销或者确认该具体行政行为违法的，可以责令被申请人在一定期限内重新作出具体行政行为:
（1）主要事实不清、证据不足的；
（2）适用依据错误的；
（3）违反法定程序的；
（4）超越或者滥用职权的；
（5）具体行政行为明显不当的。
本案中，稽查局违反法定程序，理应撤销其作出的《税务处理决定书》。
2、对于纳税信用A级纳税人取得异常凭证且已经申报抵扣增值税、办理出口退税或抵扣消费税的，应给予 10个工作日的申请核实期限，税务部门应告知当事人相关权利，并保障当事人权利的实现。
根据《国家税务总局关于异常增值税扣税凭证管理等有关事项的公告》国家税务总局公告2019年第38号第三条增值税一般纳税人取得的增值税专用发票列入异常凭证范围的，应按照以下规定处理: （四）纳税信用A级纳税人取得异常凭证且已经申报抵扣增值税、办理出口退税或抵扣消费税的，可以自接到税务机关通知之日起10个工作日内，向主管税务机关提出核实申请。经税务机关核实，符合现行增值税进项税额抵扣、出口退税或消费税抵扣相关规定的，可不作进项税额转出、追回已退税款、冲减当期允许抵扣的消费税税款等处理。纳税人逾期未提出核实申请的，应于期满后按照本条第（一）项、第（二）项、第（三）项规定作相关处理。
根据该规定，对于纳税信用A级纳税人，取得的增值税专用发票列入异常凭证范围的，有10天内提出要求税务机关核实的权利。税务机关应当告知当事人相关权利并保障其权利实现。
3、稽查局出具的税务处理决定书的证据不足。稽查局不能仅依据上游企业稽查局出具的《协查函》、《已证实虚开通知单》及发票清单，但未见其他证据资料的情况下直接出具《税务处理决定书》。
根据《税收违法案件发票协查管理办法（试行）》第九条规定：“已确定虚开发票案件的协查，委托方应当按照受托方一户一函的形式出具《已证实虚开通知单》及相关证据资料，并在所附发票清单上逐页加盖公章，随同《税收违法案件协查函》寄送受托方。”江苏省某市国税局稽查局仅出具了协查函、已证实虚开通知单及发票清单，但未见其他证据资料。《已证实虚开通知单》仅能作为江西某市国税局稽查局税收稽查立案的线索，并不能证明相关发票是否虚开，江西省某市税务局稽查局不能仅据此作出税务处理决定。
4、A公司不应当补缴增值税及附加税费
A公司与江苏某运输公司之间的运输业务是基于真实采购及销售需求发生的。A公司提供了完整的业务合同、运输确认单、运费结算单、会计记账凭证、银行付款回单、物流运输磅单等资料，A司与江苏某运输公司业务“四流”一致，基于真实业务发生的合法有效凭证。
江苏某运输公司为A公司提供运输业务，根据业务完成量收取了运费，并开具了当地运输服务的增值税专用发票。
根据《国家税务总局关于纳税人对外开具增值税专用发票有关问题的公告》（2014年第39号）规定，纳税人通过虚增增值税进项税额偷逃税款，但对外开具增值税专用发票同时符合以下情形的，不属于对外虚开增值税专用发票：一、纳税人向受票方纳税人销售了货物，或者提供了增值税应税劳务、应税服务；二、纳税人向受票方纳税人收取了所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务的款项，或者取得了索取销售款项的凭据；三、纳税人按规定向受票方纳税人开具的增值税专用发票相关内容，与所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务相符，且该增值税专用发票是纳税人合法取得、并以自己名义开具的。
因此，江苏某运输公司作为开票方，符合上述“公告”规定情形，不属于虚开；当然，A公司作为受票方，也理所当然不构成虚开，所以也就不应当补缴增值税了及相关税费了。
5、A公司无需补缴企业所得税
根据《国家税务总局关于发布<企业所得税税前扣除凭证管理办法>的公告》（国家税务总局公告2018年第28号）第十四条企业在补开、换开发票、其他外部凭证过程中，因对方注销、撤销、依法被吊销营业执照、被税务机关认定为非正常户等特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，可凭以下资料证实支出真实性后，其支出允许税前扣除：
（一）无法补开、换开发票、其他外部凭证原因的证明资料（包括工商注销、机构撤销、列入非正常经营户、破产公告等证明资料）；
（二）相关业务活动的合同或者协议；
（三）采用非现金方式支付的付款凭证；
（四）货物运输的证明资料；
（五）货物入库、出库内部凭证；
（六）企业会计核算记录以及其他资料。前款第一项至第三项为必备资料。
本案中，因江苏某运输公司被税务机关认定为非正常户而无法补开、换开发票，我公司按照上述第十四条，提交相关资料，证实支出真实性后，其支出是可以税前扣除的。因此，A公司该笔运输费用支出，应该按照该条规定准予A公司在计算应纳税所得额时扣除，不应补缴企业所得税。
6、A公司不应缴纳滞纳金
根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》（国税函〔2007〕1240号）规定，纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款的，不属于税收征收管理法第三十二条“纳税人未按照规定期限缴纳税款”的情形，不适用该条“税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金”的规定。
因此，基于该规定，A公司在被认定善意取得增值税专用发票情况下，不应缴纳税款滞纳金。
